1. PRESENTATION DE L’UNITE

L’Unité de Recherche EA_1122; IGE-PCV est dédiée à la détermination de la part respective des facteurs génétiques et environnementaux (incluant les habitudes alimentaires et l’activité physique) influençant la prédisposition aux pathologies chroniques ainsi que de leurs interactions.

Plus précisément, l’EA_1122; IGE-PCV 'Interactions Gène-Environnement en Physiopathologie Cardio-Vasculaire' est axée depuis de nombreuses années sur l’étude épidémiologique des maladies cardio-vasculaires, seconde cause de mortalité en France après les cancers. Divers facteurs de risque sont à l’origine du développement des pathologies cardio-vasculaires, dont certains sont clairement établis tels que les facteurs environnementaux (tabagisme, alimentation, sédentarité)  et d’autres méconnus, les facteurs génétiques notamment. L’Unité IGE-PCV est donc axée sur la mise en évidence de ces facteurs méconnus, mais aussi sur l’étude des mécanismes complexes qui associent environnement et génétique pour mener au développement de la pathologie cardio-vasculaire. Pour ce faire, l’Unité a su accompagner les avancées scientifiques et techniques en la matière en mettant en place des designs familiaux basés sur le recrutement de la Cohorte STANISLAS et en adoptant des stratégies intégratives impliquant le génome, le transcriptome, l'épigénome et le phénome et ce dès leur avènement.

Ainsi, l’Unité a initié une approche d’épidémiologie génétique pluridisciplinaire basée sur les phénotypes intermédiaires liés au risque cardio-vasculaire, qui repose sur :

• L'étude des interactions gène-gène et gène-environnement intervenant dans la variabilité interindividuelle de phénotypes intermédiaires
• L'étude de l'héritabilité de phénotypes au sein de populations familiales telles que la Cohorte STANISLAS
• L'exploitation intégrative des données -omiques (génétique, épigénétique, transcriptomique)
• Le développement de méthodologies combinant les approches gène-candidat, ‘genome-wide’ et ‘phenome-wide association studies’.

De façon à identifier les marqueurs précoces, l’Unité a développé une démarche axée sur des populations en apparente bonne santé et basée sur une approche génotype-phénotype intermédiaires familiale, transversale et/ou longitudinale. Cette approche méthodologique inédite intègre génomique, transcriptomique et protéomique (dans l'esprit de la biologie des systèmes), dans le but d’identifier des polymorphismes fonctionnels ayant une utilité en termes préventifs et prédictifs. Elle implique une stratégie multidisciplinaire basée sur une étroite collaboration entre épidémiologistes, biochimistes, biologistes moléculaires, généticiens, biostatisticiens et cliniciens faisant partie de cette structure mais aussi sur un important réseau de collaborations. Ainsi, les travaux des chercheurs de l’Unité ont permis de mettre en évidence de nouveaux biomarqueurs appartenant aux voies métaboliques impliquées dans la régulation de la pression artérielle, du métabolisme lipidique, de l’adhésion cellulaire et de l’inflammation mais aussi dans les caractéristiques anthropométriques des populations.

L’Unité a également maintenu une stratégie d’adaptation constante aux nouvelles méthodologies, notamment dans le domaine des outils technologiques de génotypage à haut débit. Depuis 2007, l'approche pangénomique ou ‘genome-wide’ dans des populations pédiatriques complétant l’approche gène-candidat initiale a été développée en partenariat avec des équipes disposant de populations de réplication ou intégré des Consortia Internationaux dédiés aux études pangénomiques de grandes ampleurs. Récemment, les approches phenome-wide’, le séquençage à haut débit ou ‘next-generation sequencing’ et l'épigénétique (EWAS) ont été intégrées à la démarche d’ensemble de l’équipe. Conscients du fait que l’évolution des technologies analytiques de génotypage va de pair avec celle des méthodologies en biostatistiques/bioinformatique et nécessite une mise à niveau régulière, les chercheurs ont suivi une stratégie de veille méthodologique et sont activement engagés dans une démarche de formation continue de façon à tenir leurs compétences à jour dans ces domaines.

Un fait marquant de l’Unité est la création en 2002 d’un Centre de Ressources Biologiques (CRB), rentrant dans les réseaux des biobanques au niveau National avec la ‘Coordination des Infrastructures en Sciences du Vivant’ (GIS) et au niveau Européen avec la ‘Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure’ (BBMRI), 7^ème PCRD. Ce CRB constitue une plateforme IBISA et est impliqué dans le projet investissement d’avenir ‘BIOBANQUES’.

Enfin depuis 2002, l'Equipe organise tous les 2 ans, à Santorin, en Grèce, une conférence sous le nom de "Santorini Conference" (www.santoriniconference.org) sur le thème de la Médecine Personnalisée et Pharmacogénomique. Cette conférence attire autour de 200 chercheurs venus du monde entier. 

En 2019, le directeur de l’Unité, Sofia Siest, a créé l’Association « The Santorini Conferences » ; Société à but non lucrative (loi 1901) afin de :

• Pérenniser l’organisation des « Santorini Conferences » 
• Aider et promouvoir la création de consortia  
• Diffuser des informations
• Faciliter les contacts entre la Recherche Académique et non Académique
• Aider à l’organisation d’autres congrès
• Donner des conseils pour des appels à projets Européen
• Aider à la création de postes pour des post-doctorants et des étudiants

Plus précisément:

Les objectifs établis pour l'Association sont les suivants :

• Promouvoir l'éducation et la recherche en médecine personnalisée et en pharmacogénomique sur la base de biomarqueurs potentiels et de phénotypes cliniques et environnementaux (en particulier dans les domaines liés au tabagisme, à la nutrition, à l'exercice physique, au sport, à la douleur, etc.) afin de produire des informations de qualité pour les applications cliniques et post-commercialisation et les patients ; les activités et la gestion des centres de ressources biologiques entrent également dans le cadre de cet objectif ;
• Faciliter les contacts entre tous ceux qui partagent les objectifs de l'association ;
• Intégrer des approches multidisciplinaires fondamentales dans les projets de recherche et transformer ces projets en avancées cliniques, par la formation et l'éducation des professionnels de la santé et du grand public dans les domaines de la pharmacogénétique, de la pharmacologie clinique, de la pathologie clinique et de la médecine personnalisée

Pour atteindre ces objectifs, l'association organise, co-organise et soutient des réunions, symposiums, conférences et autres rassemblements scientifiques et programmes éducatifs, afin de produire des informations à utiliser dans la pratique clinique et à fournir aux patients dans les domaines de la médecine personnalisée, de la pharmacogénomique et de la thérapie personnalisée basée sur des biomarqueurs potentiels, des facteurs environnementaux et des paramètres cliniques.

L'événement majeur est la « Santorini Conference », qui se tient tous les deux ans. Une assemblée générale des membres de l'association se réunit à l'occasion de cet événement.

D'autres initiatives contribuant aux objectifs de l'Association pourront également être entreprises, telles que la participation à des demandes de subventions, des essais cliniques, des essais multicentriques et des évaluations de biomarqueurs, la rédaction et la fourniture d'avis d'experts indépendants dans les domaines d'intérêt de l'Association. L'Association publie les programmes de ses congrès, les résumés de ses communications et des articles scientifiques dans des journaux scientifiques.

En règle générale, l'Association engage toute action qui facilite la réalisation de ses objectifs.

Adhésion: 

• 120 euros/an pour les individuels
•   60 euros/an pour les étudiants
• 1200 euros/an pour les entreprises

2. COLLABORATIONS INTERNATIONALES

Nous avons mis sur pied des partenariats avec des équipes spécialisées et des réseaux collaboratifs avec des cohortes de grande envergure comme :

• la cohorte Framingham « National Heart Lung and Blood Institute » -NHLBI- (Framingham, Boston, Etats Unis), S. Seshadri sur le VEGF, depuis 2010 ;
• la cohorte  LifeLines (Pays Bas), B. Alizadeh sur le VEGF et les molécules d’inflammation, depuis 2013.

3. CONSORTIA

Nous avons intégré des grands consortia Internationaux disposant des compétences complémentaires et de populations de réplication :

• Le Consortium « MAGIC (Meta-Analyses of Glucose and Insulin-related traits Consortium) », depuis 2008 ;
• Le Consortium “CHARGE (Cohorts for Heart and Aging Research in Genomic Epidemiology)” – Inflammation working group”, (Behrooz Alizadeh), depuis 2013.
• Le “Social Science Genetics Association Consortium for Reproductive Behavior”, University of Groningen, Jornt Mandemakers et Nicola Barban, depuis 2013;
• Le “Global Burden of Metabolic Risk Factors of Chronic Diseases Collaborating Group (NCD Risk Factor Collaboration - NCD-RisC)”, depuis 2014.

4. CONSORTIUM VEGF

L’Unité a créé le consortium VEGF - « Vascular Endothelial Growth Factor European Genomic Federation » consortium-, en 2015, réunissant, sous le ‘leadership’ du Directeur de l’Unité, plus de 20 partenaires provenant de 12 pays différents (incluant les USA et Canada) avec une expertise scientifique mondialement reconnue dans des domaines différents, mais complémentaires au VEGF-A.